Como era de esperarse , la respuesta de la Corona a tan desmesuradas exigencias fue enteramente negativa , amparándose en artificios legales que iban desde la invalidación total de las Capitulaciones de Santa Fe, hasta la argumentación y aplicación de leyes y precedentes legales que tendían a evitar que los extranjeros ocuparan cargos judiciales o desempeñaran funciones similares. Uno por uno, las peticiones y reclamos presentados por Diego fueron denegados por el Consejo, en tono a veces desconsiderado.
Junto con títulos y privilegios, Diego Colon también había heredado de su padre muchos y grandes enemigos de la Corte. Mientras el trataba de exponer su caso había personas que, ademas de no oírlo, lo obstaculizaban y se empenaban en humillarlo. Lo único que podía hacer al comienzo del proceso era quejarse directamente al Rey, pero Fernando en esos momentos se encontraba en Napoles y Diego no tenia mas alternativa que esperar que el Monarca regresara y pudiera encargarse personalmente del asunto. Esa ocasión finalmente se presento al ano siguiente cuando, de nuevo en España Fernando se hizo cargo de la regencia de Castilla por incapacidad de la Reina Juana. Desde luego Diego tenia que hacer algo para forzar la respuesta. Hasta entonces habia estado posponiendo su matrimonio, pues esperaba recibir las concesiones demandadas que le darían mayor prestigio y le permitirían "casar bien". En vista de la clara negativa del Consejo, decidió adelantar su boda con Maria de Toledo Sobrina del Rey, podía allanar sus asuntos en la Corte a través de su otro tío, el Duque de Alba, quien era entonces el hombre mas influyente en el gobierno de Castilla. En poco tiempo ella consiguió en efecto que por lo menos la petición de su marido de ser nombrado Gobernador de las Indias fuera oída y aceptada.
Fuera por complacer al Duque de Alba o simplemente por no querer oír hablar mas del asunto o porque Ovando había pedido varias veces ser relevado de su cargo, Fernando decidió nombrar a Diego Colon para el gobierno de las Indias en la Española, haciendo constar sin embargo que ese nombramiento debía ser considerado "sin prejuicio del derecho de ninguna de las partes" en el pleito ya incoado, lo cual implicaba que esa decisión no modificaba en modo alguno el proceso judicial que quedaba pendiente.
